Die Kostenstellenrechnung ist die Basis für die interne Wirtschaftlichkeitsbewertung der verschiedenen Krankenhausbereiche. Hier werden die Primärkosten den Kostenstellen zugeordnet und  durch Umlage und Verteilung die Hilfskostenstellen an die Kostenstellen verrechnet, die Leistungen erbringen. Demgegenüber können Planzahlen auf der Basis Kostenstelle/Kostenart gestellt werden, um eine Plan/Ist/Abweichung durchführen zu können. Eine Budgetierung auf Kostenstellenebene ist ebenso möglich.
 

Neben der Kostenstellenrechnung kommt der Innenauftragsrechnung eine besondere Bedeutung im SAP Modul Controlling zu. Innenaufträge bilden eine parallele Kontierungsebene zu Kostenstellen und somit verschiedene betriebswirtschaftliche Sachverhalte aufzeigen. Im Krankenhaus ist dies klassisch die Abbildung eines Falls als Innenauftrag und somit Basis für die Kostenträgerrechnung. Darüber hinaus kann ein Innenauftrag als Kostensammler dienen und beispielsweise Kosten sammeln, die außerhalb der Kostenstellenrechnung später bilanzielle Auswirkungen haben (z. B. Sammlung von Investitionsaufwendungen). Eine Abrechnung an eine Anlage (im Bau) ist möglich.
 

In der Profit Center Rechnung lassen sich unterschiedliche Bereiche einer Gesellschaft so abbilden, als handele es sich um eigene Unternehmen. Entsprechend ist eine Darstellung entweder nur GuV-relevanter Aspekte oder sogar die Abbildung einer eigenen Bilanz für Teilbereiche einer Gesellschaft möglich.